La historia de Cristián Álvarez y la UC comenzó en 1993, cuando fue descubierto por un captador del club en un torneo de su natal Curicó. Cuatro años más tarde, y con solo 17 años, tuvo su debut en el Campeonato Nacional, jugando 35’ en la victoria 4-1 ante Colo-Colo en el Clausura 1997.
El año 2000, Cristián fue parte de la Selección de Chile que participó en los preolímpicos de Londrina, y que clasificó a los Juegos Olímpicos de Sydney, consiguiendo la medalla de bronce.
El "Huaso", como es cariñosamente apodado, tuvo su consagración en el Primer Equipo de La Franja el 2002, año en que alza con los Cruzados el Torneo de Apertura, el primero de una larga lista de títulos con los Cruzados. Fue ese mismo año, pero en el Clausura, donde escribiría uno de sus más icónicos pasajes. El 12 de octubre durante el Clásico Universitario, el arquero de La Franja Jhonny Walker sale lesionado tras cometer falta penal, sin la posibilidad de realizar cambios. Posterior a esto, Álvarez se puso los guantes y se ubicó en el arco, conteniéndole el disparo a Pedro González, en un encuentro que culminó 1-1.
La primera etapa de Álvarez con La Franja finalizaría el 2005, año en que comenzó su carrera en el extranjero, donde defendió las camisetas de River Plate en Argentina, Beitar Jerusalem en Israel, Jaguares de México y Universitario de Perú, para luego retornar a los Cruzados el año 2011.
En su segundo retorno (jugó también en La Franja el 2007), alzó la Copa Chile 2011. Cinco años más tarde, y tras seis años de la UC sin ganar un Campeonato Nacional, el “Huaso” fue el encargado de levantar en San Carlos de Apoquindo el Clausura 2015-2016, luego de la épica remontada en el histórico 30 de abril, en un año en el que también gritó Campeón de la Supercopa y el Apertura 2016-2017.
Luego de anunciar que se retiraría al final de la temporada 2018, Cristián Álvarez tuvo su último partido en San Carlos de Apoquindo por la penúltima fecha del Campeonato Nacional, partido en el que fue homenajeado por sus compañeros y los hinchas de Universidad Católica, realizando una vuelta olímpica en andas tras la victoria de la UC ante O'Higgins, donde fue ovacionado por todos los asistentes. Días más tarde, el 2 de diciembre en el Estadio Germán Becker, tuvo su último partido como profesional, en el que junto al equipo de toda su vida se consagró Campeón del Campeonato Nacional tras vencer a Deportes Temuco.
A lo largo de sus tres periodos con Universidad Católica, el "Huaso" disputó 335 partidos con la UC, alzando los Campeonatos Nacionales del Apertura 2002, Clausura 2005, Clausura 2016, Apertura 2016-2017, Campeonato Nacional 2018; la Copa Chile 2011 y la Supercopa 2016.
